En 1991 el Ayuntamiento de Arnuero aprobó unas Normas Subsidiarias que fueron anuladas un par de años después por el Tribunal Superior de Justicia de Cantabria, junto con la anulación de la licencia y sentencia de derribo de la Urbanización de La Arena. Esta situación generó durante años un importante caos urbanístico con una aprobación parcial de unas nuevas Normas Subsidiarias limitada al ámbito de suelo urbano y con las graves consecuencias del deber de asumir las responsabilidades derivadas de la declaración de derribo de dicha urbanización.

En el año 2002 se inicia el proceso para redacción y aprobación de un nuevo Plan General de Ordenación Urbana para el municipio, un proceloso trabajo no exento de serias dificultades, que dotara a Arnuero de un nuevo modelo de crecimiento urbanístico alejado de los modelos especulativos anteriores. En 2013 obtiene el nuevo PGOU la aprobación definitiva por la CROTU. Posteriormente sería recurrido ante los tribunales de justicia, quienes dieron la razón al Ayuntamiento tanto en primera instancia como en el Tribunal Supremo, lo que ha determinado que en la actualidad el municipio cuente con un adecuado modelo de ordenación territorial garantizado por los tribunales de justicia.